BDP Fl-PeG5-propargyl ถูกนำมาใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีขั้นสูงและการประยุกต์ใช้ โดยเฉพาะในสาขาการไบโอคอนจูเกชันและการติดฉลาก โครงสร้างของมันที่มีกลุ่ม propargyl ทำให้เหมาะสมอย่างยิ่งสำหรับปฏิกิริยา click chemistry ซึ่งช่วยให้สามารถติดต่อกับไบโอโมเลกุลต่างๆ เช่น โปรตีน เพปไทด์ และกรดนิวคลีอิก ได้อย่างมีประสิทธิภาพและเฉพาะเจาะจง สารประกอบนี้มักถูกใช้ในการพัฒนาโพรบเรืองแสงและตัวแทนการถ่ายภาพ ซึ่งช่วยในการมองเห็นและติดตามกระบวนการทางชีวภาพในเซลล์หรือเนื้อเยื่อที่มีชีวิต นอกจากนี้ ยังมีบทบาทในการสังเคราะห์ระบบนำส่งยา โดยโซ่ PEG (polyethylene glycol) ของมันช่วยเพิ่มความละลายและความเข้ากันได้ทางชีวภาพ ปรับปรุงประสิทธิภาพของตัวแทนบำบัด นักวิจัยยังใช้มันในการศึกษาการโต้ตอบและพลวัตของโมเลกุล โดยใช้ประโยชน์จากคุณสมบัติเรืองแสงเพื่อให้ได้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับระบบชีวภาพที่ซับซ้อน