D-Neopterin ถูกใช้เป็นตัวบ่งชี้ทางชีวภาพในการติดตามการอักเสบเรื้อรังและกิจกรรมของระบบภูมิคุ้มกัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งเกี่ยวข้องกับการกระตุ้นของแมคโครฟาจและเซลล์ T เมื่อมีการติดเชื้อไวรัส โรคอัตโนมัติ หรือโรคมะเร็ง ระดับของ D-Neopterin ในเลือดหรือปัสสาวะจะสูงขึ้นอย่างชัดเจน ทำให้มันมีประโยชน์ในการประเมินความรุนแรงของโรคและการตอบสนองต่อการรักษา นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาเกี่ยวกับภาวะเครียดออกซิเดทีฟ และการเปลี่ยนแปลงของระบบภูมิคุ้มกันในผู้ป่วยที่มีภาวะสุขภาพหลากหลาย เช่น โรคเบาจืดจากหลอดเลือด หรือภาวะแทรกซ้อนจากโรคเรื้อรังอื่น ๆ