ใช้ในงานวิจัยทางชีววิทยาและชีวเคมีเป็นหลัก โดยเฉพาะในการศึกษาเกี่ยวกับการเผาผลาญของเซโรโทนินในร่างกาย เนื่องจากสารนี้เป็นเมตาบอลิไทด์หลักของเซโรโทนิน จึงนิยมใช้ในการวัดระดับการผลิตและสลายตัวของเซโรโทนินในตัวอย่างชีวภาพ เช่น เลือด ปัสสาวะ หรือเนื้อเยื่อสมอง นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อติดตามภาวะผิดปกติที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาท เช่น โรคซึมเศร้า โรควิตกกังวล หรือเนื้องอกชนิดคาร์ซินอยด์ เนื่องจากระดับของสารนี้ในปัสสาวะสามารถบ่งชี้การผลิตเซโรโทนินที่ผิดปกติได้ นอกจากนี้ยังใช้เป็นมาตรฐานในการวิเคราะห์ด้วยเทคนิค HPLC หรือ ELISA เพื่อให้การตรวจวัดมีความแม่นยำและเชื่อถือได้มากขึ้น