ฮิสตามีนใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในการศึกษาเกี่ยวกับระบบภูมิคุ้มกัน การอักเสบ และการตอบสนองของร่างกายต่อการแพ้ ฮิสตามีนมีบทบาทสำคัญในการกระตุ้นการหลั่งกรดในกระเพาะอาหาร จึงถูกใช้ในการทดสอบการทำงานของกระเพาะอาหาร เช่น ในการวินิจฉัยโรคที่เกี่ยวข้องกับการหลั่งกรดมากหรือน้อยผิดปกติ นอกจากนี้ยังใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อกระตุ้นตัวรับฮิสตามีน (H1, H2, H3) เพื่อศึกษาฤทธิ์ของยาต้านฮิสตามีนหรือสารใหม่ๆ ที่มีผลต่อระบบประสาทส่วนกลางและระบบไหลเวียนโลหิต