ใช้เป็นสีย้อมในงานวิเคราะห์ทางชีววิทยาและจุลชีววิทยา โดยเฉพาะในการย้อมเซลล์และเนื้อเยื่อเพื่อสังเกตภายใต้กล้องจุลทรรศน์ เช่น ในการย้อมเลือดหรือเนื้อเยื่อในวิชาพยาธิวิทยา นิยมใช้ร่วมกับสีย้อมอื่นเช่น แฮมิทอล (Hematoxylin) ซึ่งเป็นที่รู้จักกันในชื่อการย้อมแบบ H&E เพื่อให้เห็นโครงสร้างของนิวเคลียสและไซโตพลาสซึมอย่างชัดเจน นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมเครื่องสำอาง เช่น การผลิตลิปสติกและสีสำหรับผลิตภัณฑ์ดูแลผิว เนื่องจากให้สีแดงถึงสีชมพูที่สดใส และมีความคงตัวในสูตรผลิตภัณฑ์บางประเภท ในงานวิจัยด้านโฟโตเคมี มีการใช้ไอย์โซอีเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาภายใต้แสงที่มองเห็นได้ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาออกซิเดชันที่ใช้แสงในการกระตุ้น ซึ่งเป็นที่น่าสนใจในงานพัฒนาพลังงานทางเลือกและกระบวนการสังเคราะห์ที่เป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อม