ใช้แอคริฟลาวีนเป็นสารฆ่าเชื้อโรคในระดับภายนอก โดยเฉพาะในการรักษาแผลติดเชื้อแบคทีเรียและเชื้อราในสัตว์น้ำ เช่น ปลา ในอุตสาหกรรมการเพาะเลี้ยงปลา นิยมใช้แอคริฟลาวีนผสมในน้ำเพื่อรักษาโรคที่เกิดจากแบคทีเรียและปรสิตบางชนิด นอกจากนี้ยังใช้ในห้องปฏิบัติการทางชีววิทยาเป็นสีย้อมสำหรับการตรวจหาไมโครออร์แกนิซึม และบางครั้งใช้ในการศึกษาวิจัยเกี่ยวกับไวรัสและคุณสมบัติต้านจุลชีพ