(R)-2-Aminopent-4-ynoic acid hydrochloride ถูกนำมาใช้หลักๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสารที่เล็งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาทและโรคเมแทบอลิซึม โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครซึ่งมีทั้งกลุ่มอะมิโนและหมู่อัลไคน์ ทำให้มีคุณค่าในการประยุกต์ใช้เคมีคลิก (click chemistry) ซึ่งช่วยในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนผ่านปฏิกิริยาที่มีประสิทธิภาพและเลือกสรร นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการพัฒนายาลักษณะเปปไทด์และเป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการออกแบบตัวยับยั้งเอนไซม์ บทบาทในเคมียารักษาโรคมีความสำคัญ โดยมีส่วนช่วยในการสร้างยาใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่างๆ เช่น มะเร็งและภาวะเสื่อมของระบบประสาท