(2-Ethynylphenyl)methanamine hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยทางเภสัชศาสตร์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาสารชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีศักยภาพในการรักษา กลุ่มเอทไคน์ในสารนี้ทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าในการเคมีคลิก (click chemistry) ซึ่งช่วยในการสร้างโครงสร้างที่ซับซ้อนผ่านปฏิกิริยาเช่น การ cycloaddition แบบ azide-alkyne ที่มีตัวเร่งทองแดง (CuAAC) คุณสมบัตินี้ถูกนำมาใช้ในการค้นพบยาและการพัฒนาระบบการส่งยาแบบกำหนดเป้าหมาย นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในการเตรียมลิแกนด์สำหรับการเร่งปฏิกิริยาหรือเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์วัสดุใหม่ที่มีคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์หรือทางแสง การประยุกต์ใช้ส่วนใหญ่เน้นที่การวิจัยและพัฒนาในเคมียารักษาและวิทยาศาสตร์วัสดุ