โพลิเฮกซาเมทิลีนกวานิดีน ไฮโดรคลอไรด์ ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารฆ่าเชื้อและสารต้านจุลินทรีย์ เนื่องจากมีประสิทธิภาพสูงต่อจุลินทรีย์ในวงกว้าง รวมถึงแบคทีเรีย ไวรัส และเชื้อรา โดยทั่วไปใช้ในระบบบำบัดน้ำเพื่อควบคุมการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์และรักษาความสะอาดในสิ่งอำนวยความสะดวกน้ำอุตสาหกรรมและน้ำเพื่อการพักผ่อน ในภาคการดูแลสุขภาพ ใช้สำหรับการฆ่าเชื้อพื้นผิวในโรงพยาบาลและคลินิกเพื่อป้องกันการแพร่กระจายของการติดเชื้อ นอกจากนี้ ยังถูกผสมในผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดสำหรับใช้ในครัวเรือนและอุตสาหกรรม เพื่อให้มั่นใจในความสะอาดที่มีประสิทธิภาพ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงการถนอมรักษาวัสดุ เช่น สิ่งทอและไม้ ซึ่งยับยั้งการย่อยสลายจากจุลินทรีย์ สารเคมีนี้ยังถูกใช้ในเกษตรกรรมเป็นสารฆ่าพยาธิเพื่อปกป้องพืชผลจากเชื้อก่อโรค ส่งเสริมผลผลิตและคุณภาพ ความเสถียรและประสิทธิภาพทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าในสูตรต้านจุลินทรีย์หลากหลาย