โปรตามีนซัลเฟตจากอสุจิปลาแซลมอนใช้อย่างแพร่หลายในทางการแพทย์ โดยเฉพาะในสาขากายใจและศัลยกรรม การประยุกต์ใช้หลักคือเป็นยาแก้พิษของเฮปาริน ซึ่งเป็นยาต้านการแข็งตัวของเลือดที่ใช้กันทั่วไป หลังจากขั้นตอนเช่นการผ่าตัดหัวใจเปิดหรือการฟอกไต ที่ซึ่งให้เฮปารินเพื่อป้องกันการแข็งตัวของเลือด โปรตามีนซัลเฟตจะใช้เพื่อทำให้ผลของเฮปารินเป็นกลางและฟื้นฟูการแข็งตัวของเลือดให้เป็นปกติ ซึ่งช่วยลดความเสี่ยงของการเลือดออกมากเกินไปหลังผ่าตัด นอกจากนี้ ยังใช้ในระบบส่งยาบางชนิดเพื่อทำให้อินซูลินในสูตรอินซูลินคงตัวและยืดการปล่อยออกมา เพิ่มประสิทธิภาพการรักษา ความสามารถในการจับกับกรดนิวคลีอิกยังทำให้เป็นเครื่องมือที่มีค่าค่างานวิจัยชีววิทยาโมเลกุลสำหรับศึกษาการโต้ตอบระหว่าง DNA-โปรตีน