แมกไนนิน II ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในวงการวิจัยทางการแพทย์และเภสัชวิทยา เนื่องจากมีคุณสมบัติในการต้านเชื้อแบคทีเรีย เชื้อรา และไวรัส โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาต้านจุลชีพชนิดใหม่ ที่สามารถต่อสู้กับการดื้อยาของเชื้อโรค นอกจากนี้ยังมีการศึกษาการนำแมกไนนิน II มาใช้ในด้านการรักษาโรคมะเร็ง เนื่องจากมีศักยภาพในการทำลายเซลล์มะเร็งโดยไม่ทำลายเซลล์ปกติ ในอุตสาหกรรมอาหาร แมกไนนิน II ถูกวิจัยเพื่อใช้เป็นสารกันบูดจากธรรมชาติ เพื่อยืดอายุการเก็บรักษาอาหารโดยไม่ต้องใช้สารเคมีสังเคราะห์