ซีครอปิน บี มีการนำไปใช้ในหลายด้าน โดยเฉพาะในด้านการแพทย์และเกษตรกรรม เนื่องจากมีคุณสมบัติในการต้านเชื้อแบคทีเรีย เชื้อรา และไวรัส ในทางการแพทย์ ซีครอปิน บี ถูกศึกษาว่ามีศักยภาพในการพัฒนายาต้านจุลชีพชนิดใหม่ ที่สามารถต่อสู้กับเชื้อโรคที่ดื้อยาได้ นอกจากนี้ ยังมีการวิจัยเพื่อนำไปใช้ในการรักษาโรคติดเชื้อต่าง ๆ รวมถึงการพัฒนาวัคซีน ในด้านเกษตรกรรม ซีครอปิน บี ถูกนำมาใช้เพื่อป้องกันพืชจากโรคที่เกิดจากเชื้อจุลินทรีย์ ช่วยลดการใช้สารเคมีกำจัดศัตรูพืช และเพิ่มผลผลิตทางการเกษตรได้อย่างมีประสิทธิภาพ