กลูคากอน-ไลค์ เพปไทด์ 2 (GLP-2) ถูกนำมาใช้ทางการแพทย์เพื่อรักษาและจัดการภาวะลำไส้สั้น (Short Bowel Syndrome) ซึ่งเป็นภาวะที่ลำไส้ไม่สามารถดูดซึมสารอาหารได้เพียงพอ เนื่องจากความยาวของลำไส้ลดลงจากการผ่าตัดหรือโรค GLP-2 ช่วยเพิ่มความสามารถในการดูดซึมสารอาหารของลำไส้ โดยการกระตุ้นการเจริญเติบโตของเซลล์เยื่อบุลำไส้ และเพิ่มการไหลเวียนเลือดในบริเวณดังกล่าว

นอกจากนี้ GLP-2 ยังถูกศึกษาเพื่อใช้ในการรักษาโรคอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับระบบทางเดินอาหาร เช่น โรคลำไส้อักเสบ (Inflammatory Bowel Disease) และภาวะทุพโภชนาการที่เกิดจากความผิดปกติของลำไส้ การรักษาด้วย GLP-2 มักให้ผลดีในการปรับปรุงคุณภาพชีวิตของผู้ป่วย โดยเฉพาะผู้ที่มีปัญหาการดูดซึมสารอาหารเรื้อรัง

อย่างไรก็ตาม การใช้ GLP-2 ต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างใกล้ชิด เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียง เช่น การเพิ่มขึ้นของมวลเนื้อเยื่อในลำไส้ หรือความเสี่ยงต่อการเกิดเนื้องอกในบางกรณี