Bis-PEG3-sulfonic acid ใช้หลักๆ ในสาขาการไบโอคอนจูเกชันและชีวเคมี โดยทำหน้าที่เป็นโมเลกุลลิงก์หรือสเปเซอร์ ช่วยให้สามารถติด biomolecule ต่างๆ เช่น โปรตีน เพปไทด์ หรือแอนติบอดี กับกลุ่มฟังก์ชันอื่นๆ หรือพื้นผิวได้ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งสำหรับความละลายในน้ำและ biocompatibility ทำให้เหมาะสมสำหรับการใช้งานในระบบส่งยา ซึ่งช่วยปรับปรุงเภสัชจลนศาสตร์และความเสถียรของยารักษา นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาเซ็นเซอร์ชีวภาพและเครื่องมือวินิจฉัย โดยที่กลุ่มกรดซัลโฟนิกช่วยเพิ่มประสิทธิภาพการจับกุมและความจำเพาะเจาะจง โซ่ PEG (polyethylene glycol) ช่วยลด immunogenicity และเพิ่มระยะเวลาการไหลเวียนในระบบชีวภาพ ทำให้เป็นส่วนประกอบที่หลากหลายในงานวิจัยชีวการแพทย์และสูตรยารักษา