ใช้เป็นสารตัวกลางหลักในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในเภสัชภัณฑ์ที่มุ่งเป้าไปที่โรคระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างบิไซโคลิกที่มีความตึงเครียดแบบพิเศษพร้อมการแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบยา ใช้กันทั่วไปในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์และตัวปรับตัวรับซึ่งโครงสร้างฟลูออรีนช่วยปรับปรุงความสัมพันธ์ในการจับและคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเกษตรเคมีเพื่อสร้างยาฆ่าแมลงใหม่ที่มีความเสถียรต่อสิ่งแวดล้อมและประสิทธิภาพที่ดีขึ้น