6-Chloro-2-Fluoro-3-Methylbenzylamine ใช้หลัก ๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) ต่าง ๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง รวมถึงยาต้านอาการซึมเศร้าและยารักษาโรคจิต คุณสมบัติทางโครงสร้างของมันช่วยให้สามารถนำกลุ่มฟังก์ชันเฉพาะเจาะจงมาใช้ ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรรของโมเลกุลยาสุดท้าย นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อเตรียมโมเลกุลซับซ้อนที่ใช้ในการวิจัยและพัฒนา บทบาทของมันในการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพทำให้เป็นส่วนประกอบที่สำคัญในเคมียารักษา