ไฮโดรคลอไรด์ของบิส(4-เมทอกซีเบนซิล)เอมีน ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับการเตรียมสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น ทำหน้าที่เป็นสารกลางในการพัฒนายาเภสัช โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา โครงสร้างที่มีกลุ่มเมทอกซีเบนซิลทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ เช่น ตัวยับยั้งตัวรับหรือตัวยับยั้งเอนไซม์ นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาปฏิกิริยาเคมีและพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ ความเสถียรและปฏิกิริยาภายใต้สภาวะต่างๆ ทำให้เป็นสารเคมีที่หลากหลายในเคมีเภสัชกรรมและกระบวนการค้นพบยา