(2-Fluorobenzyl)methylamine ถูกนำมาใช้เป็นหลักในสาขาการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญ (intermediate) ในการผลิตเภสัชภัณฑ์หลากหลายชนิด โครงสร้างของมันที่มีกลุ่มฟลูออโรเบนซิล (fluorobenzyl group) ทำให้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่เป็นไปได้ สารเคมีนี้มักถูกใช้ในการสังเคราะห์ลิแกนด์ของตัวรับ (receptor ligands) ซึ่งมีความสำคัญอย่างยิ่งในกระบวนการค้นพบและพัฒนายา นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการสร้างตัวยับยั้งโมเลกุลเล็ก (small molecule inhibitors) ที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือโปรตีนเฉพาะเจาะจง เพื่อช่วยในการรักษาโรคต่าง ๆ เช่น มะเร็ง โรคทางระบบประสาท และโรคติดเชื้อ การมีอะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพ (bioavailability) ของสารประกอบที่ได้ ทำให้ (2-Fluorobenzyl)methylamine เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าในเคมียารักษา (medicinal chemistry)