5-Chloro-2-fluorobenzylamine ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) ต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยากล่อมประสาทและยารักษาโรคจิต นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการสร้างสารเคมีเกษตร รวมถึงสารกำจัดศัตรูพืชและวัชอุทัย เนื่องจากความสามารถในการนำเข้าชนิดกลุ่มฟังก์ชันเฉพาะที่เพิ่มประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์เหล่านี้ ในสาขาเคมีอินทรีย์ มันถูกใช้ในการเตรียมโมเลกุลที่ซับซ้อนผ่านปฏิกิริยาเช่น การเติมอามีนแบบรีดักทีฟและการแทนที่แบบนิวคลีโอฟิลิก ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในกระบวนการวิจัยและอุตสาหกรรม