4-Iodobenzylamine Hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารตั้งต้นสำหรับการเตรียมเภสัชภัณฑ์และสารประกอบชีวภาพต่างๆ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาโมเลกุลที่มีไอโอดีน ซึ่งมักนำไปใช้ในเภสัชวิทยารังสีสำหรับการถ่ายภาพวินิจฉัย โดยเฉพาะในการสแกน positron emission tomography (PET) สารประกอบนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์ลิกานด์สำหรับปฏิกิริยาที่มีตัวเร่งปฏิกิริยาโลหะ เพื่อช่วยสร้างโครงสร้างอินทรีย์ที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังประยุกต์ใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับตัวรับชีวภาพเฉพาะ กลุ่มไอโอดีนของมันทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าในการออกแบบสารประกอบสำหรับศึกษากลไกทางชีวเคมีและปฏิกิริยาระหว่างโมเลกุล