3-Iodobenzylamine hydrochloride ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีและเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน เช่น การสร้างสารตั้งต้นสำหรับยารักษาโรคหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกทางเคมีต่าง ๆ เนื่องจากมีกลุ่มไอโอดีนที่สามารถทำหน้าที่เป็นจุดเชื่อมต่อสำหรับการปรับเปลี่ยนโครงสร้างทางเคมีได้อย่างมีประสิทธิภาพ