3,5-Dimethoxybenzylamine ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่าง ๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร ซึ่งทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างสารประกอบที่ปกป้องพืชผลจากศัตรูพืชและโรค ในเคมีอินทรีย์ มันทำหน้าที่เป็นสารเคมีหลากหลายสำหรับการเตรียมโมเลกุลที่ซับซ้อน รวมถึงที่ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุและการผลิตสารเคมีละเอียด บทบาทของมันในการสังเคราะห์สีย้อมและเม็ดสีนั้นสำคัญ โดยมีส่วนช่วยในการพัฒนาสารให้สีสำหรับสิ่งทอและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม นอกจากนี้ยังใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยสำหรับการศึกษาปฏิกิริยาเคมีและการพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ ๆ