3,4-Difluorobenzylamine ใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมี โดยทำหน้าที่เป็นสารตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง รวมถึงยาต้านซึมเศร้าและยารักษาโรคจิต นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร โดยช่วยในการสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลงที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น อะตอมฟลูออรีนในสารประกอบนี้ช่วยเพิ่มความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพ ทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในการออกแบบโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง