2-Chloro-4-fluorobenzylamine เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรมต่างๆ โครงสร้างของมันที่มีทั้งหมู่คลอโรและฟลูออโรมิให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าต่อการพัฒนายา โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง มันมักถูกใช้ในการผลิตส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) สำหรับยาต้านซึมเศร้า ยารักษาโรคจิต และตัวแทนทางระบบประสาทอื่นๆ นอกจากนี้ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการวิจัยและพัฒนาในเคมียารักษา ความหลากหลายของมันยังขยายไปถึงการเตรียมสารเคมีเกษตร ซึ่งทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการกำหนดสูตรยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช