2,6-Difluorobenzylamine ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ต่าง ๆ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) มีบทบาทสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา เช่น สารต้านการอักเสบ ต้านไวรัส และต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร เช่น ยาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง เนื่องจากช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเสถียรของผลิตภัณฑ์เหล่านี้ ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสังเคราะห์สารเคมีพิเศษและโพลิเมอร์ สนับสนุนความก้าวหน้าในชั้นเคลือบ กาว และวัสดุประสิทธิภาพสูง อะตอมฟลูออรีนให้คุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ เช่น เพิ่มความเสถียรทางเคมีและ bioavailability ทำให้มีคุณค่าในแอปพลิเคชันอุตสาหกรรมที่หลากหลาย