2,5-Difluorobenzylamine ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) สำหรับยารักษาโรค มีบทบาทสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มุ่งเป้าไปที่ความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยากล่อมประสาทและยารักษาโรคจิต นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างสารประกอบอะโรมาติกฟลูออรีน ซึ่งมีคุณค่าในสารเคมีเกษตรสำหรับการป้องกันพืช อะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในงานวิจัยเคมีทางการแพทย์และเคมีเกษตร