2-Morpholin-4-ylmethylbenzylamine เป็นสารเคมีที่นำมาใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตยาที่มุ่งเป้าไปยังระบบประสาทและระบบหัวใจและหลอดเลือด นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์เฉพาะเจาะจง ซึ่งมีความสำคัญในการรักษาโรค เช่น มะเร็งและการอักเสบ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของสารนี้ช่วยให้สามารถทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีศักยภาพในการรักษา นักวิจัยยังสำรวจการนำสารนี้มาใช้ในการออกแบบสารประกอบใหม่สำหรับการศึกษาทางชีวเคมี เพื่อช่วยในการทำความเข้าใจเส้นทางชีวภาพและปฏิกิริยาระหว่างยา