N-Methyl-3,4-dimethoxybenzylamine ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรมต่างๆ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาที่เล็งเป้าไปที่ระบบประสาทส่วนกลาง โดยเฉพาะยาที่ใช้รักษาความผิดปกติทางระบบประสาท โครงสร้างของมันช่วยให้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสร้างโมเลกุลที่โต้ตอบกับระบบสื่อประสาท ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาต้านซึมเศร้า ยาต้านโรคจิต และยาผลต่อจิตใจอื่นๆ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเคมีอินทรีย์เพื่อพัฒนาสารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษา กลุ่ม dimethoxy ของมันช่วยเพิ่มปฏิกิริยาและความยืดหยุ่นในการเกิดปฏิกิริยาเคมี ทำให้สามารถใช้ในเส้นทางสังเคราะห์ที่ซับซ้อน