N-Ethyl-3-fluorobenzylamine ใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการผลิตยาที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยากลุ่มต้านเศร้าและยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาท นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการพัฒนาสารประกอบที่มีฟลูออรีน ซึ่งมักพบในยาที่ออกแบบมาเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความเสถียรของโมเลกุล นอกจากนี้ยังสามารถนำไปใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและการเกิดพันธะของสารประกอบฟลูออรีนในโมเลกุลต่างๆ