3-(เมทิลซัลโฟนิล)เบนซิลามีนถูกใช้หลัก ๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) ต่าง ๆ มีบทบาทสำคัญในการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพทางรักษา โดยเฉพาะในการสร้างโมเลกุลที่ขัดต่อโรคทางระบบประสาทและการอักเสบ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยา นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อน เนื่องจากมีกลุ่มอะมีนและซัลโฟนิลที่ทำปฏิกิริยาได้ง่าย ซึ่งอำนวยให้เกิดการแปลงทางเคมีที่หลากหลาย นอกจากการประยุกต์ใช้ในกระบวนการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ เพื่อศึกษาคุณสมบัติทางชีวภาพและฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา รวมถึงการทดสอบและวิเคราะห์ทางเคมีในห้องปฏิบัติการ