3-Chloro-2,6-Difluorobenzylamine ใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ต่างๆ ในเภสัชกรรม ใช้ในการพัฒนาโมเลกุลที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ โดยเฉพาะในการสร้างยาที่มุ่งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด ในเกษตรเคมี มีบทบาทในการกำหนดสูตรยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช สนับสนุนการปกป้องพืชผลโดยเพิ่มประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์เหล่านี้ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนเพื่อปรับปรุงความเสถียรและกิจกรรมของสารประกอบสุดท้าย