3-Fluoro-5-methoxybenzylamine ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนาสารประกอบที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาท สารนี้มีบทบาทสำคัญในการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพซึ่งโต้ตอบกับตัวรับเฉพาะในสมอง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อนำกลุ่มฟังก์ชันเข้าไปในโมเลกุลที่ซับซ้อน ช่วยในการผลิตสารเคมีละเอียดและวัสดุเฉพาะทาง โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ทำให้สารนี้มีคุณค่าสำคัญในการวิจัยเพื่อออกแบบยาที่มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรที่ดีขึ้น