3-Fluoro-4-(Trifluoromethoxy)Benzylamine ใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญ (intermediate) ในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างโมเลกุลที่มีศักยภาพในการรักษา โดยเฉพาะในสาขาประสาทวิทยาและจิตเวชศาสตร์ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการกำหนดสูตรยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น นอกจากนี้ ยังพบการใช้งานในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการพัฒนาโพลิเมอร์และสารเคลือบขั้นสูง ซึ่งให้ความต้านทานทางเคมีและความทนทานที่ปรับปรุงแล้ว คุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในงานวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมต่างๆ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งฟลูออรีนและไตรฟลูออโรเมทอกซีกรุ๊ป ทำให้มีความเป็นไปได้ในการปรับปรุงคุณสมบัติทางเคมีและชีวภาพของสารเป้าหมาย เช่น การเพิ่มความเสถียรภาพหรือการปรับปรุงการดูดซึม