2,4-Difluoro-3-Methoxybenzylamine ใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างโมเลกุลที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง รวมถึงยาต้านซึมเศร้าและยารักษาโรคจิต นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการจัดทำสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา คุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์ยังทำให้เหมาะสำหรับใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ ช่วยในการผลิตสารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อนด้วยความจำเพาะและประสิทธิภาพสูง