3-Chloro-4-methoxybenzylamine Hydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษาโรค มีบทบาทในการผลิตยาบางชนิดที่ขัดต่อโรคทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยทางเคมีอินทรีย์สำหรับการเตรียมโมเลกุลที่ซับซ้อน ช่วยในการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรม การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การพัฒนาสารเคมีเกษตร ซึ่งมีส่วนช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่