3-Fluoro-N-methylbenzylamine ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่ขัดต่อโรคทางระบบประสาท มีบทบาทในการผลิตส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) สำหรับยารักษาโรคเช่น ภาวะซึมเศร้าและความวิตกกังวล นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการวิจัยเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีการประยุกต์ใช้ทางรักษาที่เป็นไปได้ กลุ่มฟลูออรีนของมันช่วยเพิ่มความเสถียรและ bioavailability ของสารประกอบที่ได้ ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบและพัฒนายา