(3-Fluoro-4-methoxyphenyl)methanamine ถูกนำไปใช้หลัก ๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและการวิจัยทางเคมี โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่าง ๆ โดยเฉพาะสารที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและจิตเวช คุณสมบัติทางโครงสร้างของสารนี้ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาที่โต้ตอบกับระบบประสาทสื่อสาร เช่น ตัวรับเซโรโทนินและโดพามีน นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสร้างลิแกนด์เพื่อศึกษาความสัมพันธ์การจับตัวรับและความเลือกสรร ในเคมียารักษา สารนี้มีส่วนช่วยในการออกแบบโมเลกุลที่มีศักยภาพในการบำบัด เช่น ยาต้านซึมเศร้า ยารักษาโรคจิต และยาลดความวิตกกังวล บทบาทในการสังเคราะห์อินทรีย์ยังขยายไปถึงการผลิตสารเคมีละเอียดและวัสดุเฉพาะทางสำหรับการวิจัยขั้นสูง