2-Fluoro-5-(trifluoromethyl)benzylamine ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์สำหรับการบำบัดรักษา มีบทบาทในการผลิตโมเลกุลที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและการรักษามะเร็ง โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยในการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพและความเลือกสรรที่เพิ่มขึ้น นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับพัฒนาสารป้องกันกำจัดศัตรูพืชขั้นสูง กลุ่มฟลูออรีนในโครงสร้างมีส่วนช่วยเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพในสูตรเคมีต่างๆ