2,3,6-Trifluorobenzylamine ถูกนำมาใช้เป็นหลักในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ต่างๆ ในเภสัชกรรม ใช้ในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังโรคระบบประสาทส่วนกลาง โรคหัวใจและหลอดเลือด และยาต้านการอักเสบ โครงสร้างที่มีฟลูออรีนสามตำแหน่งบนเบนซีนช่วยเพิ่มการดูดซึมทางชีวภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมของโมเลกุลที่ได้ ในเกษตรเคมี ช่วยในการสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง โดยโครงสร้างฟลูออรีนช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกเฉพาะ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อน เนื่องจากความตอบสนองทางเคมีและความสามารถในการนำอะตอมฟลูออรีนเข้าไป ซึ่งสามารถเปลี่ยนแปลงคุณสมบัติทางเคมีและกายภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้ายอย่างมีนัยสำคัญ