4-Bromo-2-fluorobenzylamine hydrochloride ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม เนื่องจากโครงสร้างของมันมีทั้งหมู่โบรมีนและฟลูออรีน ซึ่งช่วยในการปรับปรุงคุณสมบัติทางเคมีและชีวภาพของสารเป้าหมาย นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในปฏิกิริยาเคมีต่าง ๆ เช่น การสร้างพันธะคาร์บอน-ไนโตรเจน และการสังเคราะห์อนุพันธ์เบนซิลามีน ซึ่งเป็นส่วนสำคัญในการพัฒนายาและสารประกอบทางเคมีอื่น ๆ ที่มีศักยภาพในการรักษาโรค