4-(ไดฟลูออโรเมทอกซี)เบนซิลามีนถูกนำไปใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมยาในฐานะสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญทางเภสัชกรรม (APIs) ต่างๆ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ซึ่งมีกลุ่มไดฟลูออโรเมทอกซี ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการรักษาโรคทางระบบประสาทและภาวะอักเสบ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร ซึ่งทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรสูงขึ้น นอกจากนี้ การประยุกต์ใช้อยังขยายไปสู่ศาสตร์วัสดุศาสตร์ ซึ่งถูกนำมาใช้ในการพัฒนาโพลิเมอร์ขั้นสูงและสารเคลือบผิวที่มีความต้านทานต่อสารเคมีและความทนทานที่ดีขึ้น