4-Chloro-3-cyanobenzylamine ถูกนำมาใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรต่างๆ โครงสร้างของมันที่มีทั้งกลุ่มคลอโรและไซยาโนทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่เป็นไปได้ มักถูกใช้ในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) สำหรับยาที่เล็งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท รวมถึงในการสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการเตรียมโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการวิจัยและพัฒนาในเคมียารักษาโรค โดยกลุ่มฟังก์ชันของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนทางเคมีเพิ่มเติมเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยา