2,3-Difluorobenzylamine ใช้หลัก ๆ เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตส่วนประกอบเภสัชกรรมที่ใช้งานได้ (APIs) และผู้สมัครยาต่าง ๆ โครงสร้างของมัน ซึ่งมีทั้งกลุ่มอะมีนและกลุ่มอะโรมาติกฟลูออรีน ทำให้มีคุณค่าต่อการออกแบบสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้นและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ตัวอย่างเช่น ใช้ในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาท โรคหัวใจและหลอดเลือด และมะเร็งบางประเภท นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ ๆ โดยอาศัยอะตอมฟลูออรีนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความคงทนต่อสิ่งแวดล้อม ความหลากหลายของมันยังขยายไปสู่วิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งสามารถนำไปรวมในโพลิเมอร์และสารเคลือบเพื่อมอบคุณสมบัติทางเคมีและกายภาพเฉพาะเจาะจง