เบนซิลคลอโรเมทิลอีเธอร์ ใช้หลัก ๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาสำหรับการนำกลุ่มปกป้องเบนซิลออกซิเมทิล (BOM) เข้าไป กลุ่มปกป้องนี้มีประโยชน์อย่างยิ่งในการปกป้องกลุ่มไฮดรอกซิลในแอลกอฮอลและฟีนอลระหว่างปฏิกิริยาเคมีที่ซับซ้อน เพื่อให้แน่ใจว่ากลุ่มเหล่านี้ไม่ได้รับผลกระทบในขณะที่ส่วนอื่น ๆ ของโมเลกุลเกิดการเปลี่ยนแปลง มักใช้ในการสังเคราะห์ยา สารเคมีเกษตร และเคมีภัณฑ์ละเอียด ซึ่งการปกป้องและถอนการปกป้องกลุ่มฟังก์ชันอย่างเลือกสรรมีความสำคัญ นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมโพลิเมอร์และเรซิน ซึ่งสามารถทำหน้าที่เป็นสารเชื่อมขวางหรือสารปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มคุณสมบัติเฉพาะของวัสดุ เนื่องจากความตอบสนองสูงและมีความเป็นพิษที่อาจก่อให้เกิดการระคายเคืองต่อระบบทางเดินหายใจและผิวหนัง จึงต้องจัดการด้วยความระมัดระวังในสภาพแวดล้อมที่ควบคุมเพื่อหลีกเลี่ยงปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์หรืออันตราย