เคมีภัณฑ์นี้ใช้หลักเป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โครงสร้างที่มีกลุ่มโบรโมเมทิลทำให้เป็นหน่วยย่อยที่มีคุณค่าต่อการนำกลุ่มฟังก์ชันเข้าไปในโมเลกุลที่ซับซ้อนยิ่งขึ้น มักนำมาใช้ในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น ปฏิกิริยาซูซูกิหรือเฮ็ค เพื่อสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่เป็นไปได้ นอกจากนี้ กลุ่มไตรฟลูออโรเมทอกซียังช่วยเพิ่มความชอบไขมันและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมของโมเลกุลที่เกิดขึ้น ทำให้มีประโยชน์ในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ ในด้านการประยุกต์ใช้สารเคมีเกษตร สามารถนำไปใช้ในการสังเคราะห์ยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้นและความเสถียรต่อสิ่งแวดล้อม