ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในปฏิกิริยาที่หมู่บรอมเมทิลทำหน้าที่เป็นจุดปฏิกิริยาสำหรับการแทนที่นิวคลีโอฟิลิก หมู่ไตรฟลูออโรเอทอกซีช่วยเพิ่มความชอบไขมันและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพที่ใช้งานได้ ใช้กันทั่วไปในการเตรียมอนุพันธ์ฟลูออรีนในงานวิจัยเคมียา และยังใช้ในการผลิตผลึกเหลวและวัสดุฟังก์ชันนัลเนื่องจากความแข็งแรงของโครงสร้างและคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์