ใช้หลักๆ เป็นตัวสร้างโครงสร้างหลากหลายในสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมยาและโมเลกุลชีวภาพ หมู่ไอโซธิโอไซยาเนตทำปฏิกิริยาได้ง่ายกับอะมีนเพื่อสร้างอนุพันธ์ไทโอยูเรีย ซึ่งสำคัญในการค้นพบยาเนื่องจากมีกิจกรรมทางชีวภาพ รวมถึงคุณสมบัติต้านมะเร็งและต้านจุลินทรีย์ หมู่บรอโมเมทิลช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมผ่านการแทนที่นิวคลีโอฟิลิก ทำให้สร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนได้ นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์โพรบเรืองแสงและสารที่มีฉลากสำหรับการทดสอบทางชีวเคมี เนื่องจากสามารถยึดติดกับชีวโมเลกุลได้ ความสามารถในการทำปฏิกิริยาคู่ทำให้มีคุณค่าต่อเคมีแบบคอมบิเนตอเรียลและการพัฒนาห้องสมุดสารประกอบสำหรับการคัดกรองแบบไฮธรูพุต