3-Chloro-4-fluorobenzyl bromide ใช้หลัก ๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยมีบทบาทสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์และเคมีเกษตร กลุ่มเบนซิลบราไมด์ที่ทำปฏิกิริยาได้ของมันช่วยให้สามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยาการจับคู่ต่าง ๆ ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ในกระบวนการพัฒนายา มักใช้เพื่อนำหมู่ 3-chloro-4-fluorobenzyl เข้าสู่สารประกอบเป้าหมาย ซึ่งสามารถเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพหรือปรับเปลี่ยนคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ นอกจากนี้ ยังใช้เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์สารเคมีพิเศษ รวมถึงสีย้อมและโพลิเมอร์ โดยโครงสร้างที่มีฮาโลเจนของมันช่วยสนับสนุนคุณสมบัติทางเคมีและกายภาพที่ต้องการ