ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร มีคุณค่าในการนำกลุ่ม 2,3,6-ไตรฟลูออโรเบนซิล เข้าสู่โมเลกุลที่ใหญ่กว่า เพื่อเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพหรือปรับเปลี่ยนคุณสมบัติทางเคมี ปฏิกิริยาของมันเหมาะสำหรับปฏิกิริยาการจับคู่ข้ามและการแทนที่นิวคลีโอฟิลิก ทำให้สามารถสร้างสารประกอบที่ซับซ้อนได้ ในเคมียารักษาโรค มักใช้ในการพัฒนาผู้สมัครยาที่มีประสิทธิภาพหรือความเลือกสูงเพิ่มขึ้น นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์วัสดุขั้นสูงและสารเคมีพิเศษ โดยอะตอมฟลูออรีนช่วยสร้างคุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ เช่น ความเสถียรและความต้านทานการย่อยสลาย