สารเคมีนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ โดยเฉพาะยาที่กำหนดเป้าหมายโรคทางระบบประสาท เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่มีคุณสมบัติต้านอาการชักหรือปกป้องระบบประสาท นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการสร้างสารกำจัดศัตรูพืชและสารกำจัดวัชพืช เนื่องจากคุณสมบัติโครงสร้างที่ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพต่อศัตรูพืชและวัชพืช กลุ่มไตรฟลูออโรเมทอกซีช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพในการออกแบบยา ทำให้มีคุณค่าในการวิจัยเคมีเภสัชกรรม